Formatosi probabilmente a Firenze nella bottega di Antonio Rossellino, fu attivo soprattutto in patria (dove organizzò un'attivissima bottega) nella cattedrale di S. Martino contribuendo alla trasformazione dell'arredo interno. Una sua opera è la tomba di Pietro da Noceto.

Il Civitali ha inoltre lasciato in città altre opere in marmo (Madonna con Bambino, tabernacoli) e in legno (Madonna Annunciata).

A Matteo e al fratello Bartolomeo si deve anche l'introduzione a Lucca dell'arte della stampa.