La Chiesa è ricordata come "Santa Reparata" in un documento del 754, come "Ecclesia B.S. Johann Baptiste sita infra hanc Lucanam civitatem" nell’881, come SS. Pantaleone, Reparata e Giovanni nel 984, ma la storia reale del luogo risale ad almeno un millennio prima, in base agli scavi effettuati.
I primi reperti vennero alla luce nel 1692 fra cui anche un sarcofago di marmo pario oggi conservato nel palazzo arcivescovile databile nell’età Augustea. Nel 1714 si scoprì sotto l’altare un profondo sotterraneo che nascondeva un’urna marmorea con un vaso di vetro contenente il corpo di S. Pantaleone.
Altri reperti di epoca medio e tardo imperiale vennero alla luce nel 1835 nel corso di uno scavo per il condotto delle pubbliche fonti, ma per uno scavo intenzionale bisogna giungere al 1885 quando il Ridolfi trovò quattro differenti piani al di sotto dell’odierno di cui fu ritrovata anche una parte dei pavimenti di cui erano rivestiti. L’inferiore è un pavimento romano dei primi secoli dell’impero.
Degli scavi del Ridolfi (architetto dell'ottocento) a noi rimane il mosaico romano a tessere bianche e nere conservato nella prima sala del museo Nazionale di Villa Guinigi.
Ma le prime vere indagini del sottosuolo di S. Giovanni furono condotte tra il 1968 ed il 1971 dalla Soprintendenza ai monumenti di Pisa. Dall’analisi dei reperti (resti di decorazione pittorica, colonne di granito, resti murali di epoca romana) , lo studioso Salmi concluse che "In un area già costruita in un tempo romano e sopra un piccolo sacello paleocristiano, dovette sorgere nel V secolo una Basilica a tre navate della quale sono identificabili la curva dell’abside, la sistemazione del presbiterio, i basamenti di un sostegno a destra e di tre a sinistra".
SCAVI DI EPOCA ROMANA NELL'AREA SOTTOSTANTE LA CHIESA DI S. GIOVANNI
Gli ultimi scavi eseguiti nel 1976 dalla Soprintendenza ai beni culturali di Pisa hanno coperto in pratica da tutta l’area interna del Battistero con risultati rilevanti. Si è intanto confermata attraverso ritrovamenti di manufatti etruschi che il sottosuolo di Lucca restituisce anche reperti etruschi provenienti da uno strato preromano.
Al periodo repubblicano appartengono ceramiche di vernice nera e anfore greco-italiche: gran parte di questo materiale sembra da assegnare ad una data vicina alla deduzione della colonia di Lucca del 180 a. C. Con il periodo imperiale compaiono numerosi resti murali, orientati secondo gli assi della città romana (cocciopesto, canalette, fogne) in cui si possono riconoscere piccoli ambienti di un edificio termale, il tutto non oltre gli inizi del III sec.d. C.
Altri ritrovamenti confermano quanto è già stato intuito dal Salmi e cioè che la costruzione della prima Chiesa si deve porre nel V-VI sec.d.C. Ma il più grosso contributo degli ultimi scavi è aver definito che il Battistero è a pianta quadriconca con quattro absidi emisferiche che si sviluppano sui lati del quadrato.
ALTRI REPERTI ROMANI DAGLI SCAVI DI S. GIOVANNI
